C'est en 1895 que le médecin, savant, explorateur et humaniste Alexandre Yersin construisit le premier bâtiment de ce qui allait devenir l'Institut Pasteur de Nha Trang. Venant, quelques années auparavant, de découvrir le bacille de la peste, ses premiers travaux au Vietnam furent tout logiquement consacrés à la peste humaine avec l'épidémie de Nha Trang en 1898. Puis, Yersin commença à s'intéresser à la médecine vétérinaire tant les épidémies de maladies infectieuses causaient de ravages chez le bétail. Afin d'assurer un constant approvisionnement en animaux de laboratoire, le docteur Yersin dû également développer des activités d'élevage et d'agriculture. Sa ferme est d'ailleurs toujours encore exploitée, sur le site dit de Suoi Giao, à une vingtaine de kilomètre à l'ouest de Nha Trang, au pied de la colline où il avait choisi de faire ériger un tombeau après sa mort. Les toutes premières constructions eurent beaucoup à souffrir des tempêtes et d'une mer parfois dévastatrice. Yersin reconstruisit ses locaux en tenant mieux compte des conditions climatiques ainsi que du terrain. Au fur et à mesure des années, divers bâtiments destinés à abriter des laboratoires, des unités de productions de sérums et des logements pour le personnel, se mirent à fleurir sur le site.
Des grands scientifiques tels que Carré, Fraimbault, Schein, Jacotot ont apportés leur concours à l'homme que les habitants de Nha Trang surnommaient avec affection et respect "Monsieur Nam". Tous ensemble, ils bâtirent pierre par pierre un Institut de recherche scientifique et de production vaccinale dont on peut encore admirer de nos jours la beauté et que l'on entretien toujours avec soins.
A ses tous débuts, l'Institut Pasteur de Nha Trang fut rattaché au Gouvernement Général de l'Indochine. Puis, en 1904, il fut placé sous la direction administrative et scientifique de l'Institut Pasteur de Paris dirigé par Emile Roux. L'Institut de Nha Trang et l'Institut Pasteur de Saigon (fondé par Calmette en 1890) étaient alors réunis sous le nom d'Instituts Pasteur d'Indochine dont la direction fut attribuée à Yersin. Il assura cette fonction jusqu'en 1918, date à laquelle il fut remplacé par Noël Bernard. Par contre, il demeura directeur de l'Institut Pasteur de Nha Trang jusqu'en 1927 avant de demander au microbiologiste Henri Jacotot de lui succéder. Yersin continua néanmoins de vivre à Nha Trang et à y travailler jusqu'à sa mort, en 1943.
Jusqu'en 1948, les thèmes de recherche de l'Institut Pasteur de Nha Trang concernaient surtout la microbiologie vétérinaire (peste bovine, charbon, surra équin, piroplasmoses du bétail, pasteurellose des bœufs et des buffles, fièvre aphteuse, rage canine, peste porcine, rouget du porc, etc …). La pathologie humaine n'était pas pour autant absente des préoccupations de Yersin qui simplement ne souhaitait pas empiéter sur les activités de l'Institut Pasteur de Saigon. Ainsi la production de sérums anti-pesteux fut toujours maintenue. Une autre contribution remarquable de Yersin à la santé humaine fut l'acclimatation, au Vietnam, du Cinchona, arbre dont on extrait la quinine pour soigner les patients souffrant de paludisme.